基于公共衛生的考慮，而對嬰兒實施包皮環切術值得商榷。比如在美國，一般民眾會將嬰兒割包皮視為常態性的醫療行為，但澳洲、加拿大、美國的醫學團體并不建議常規性實施嬰兒包皮手術。縱使包皮環切術所導致的并發癥比率相當低，但少數手術失誤、術后出血或術后感染可能引起的悲慘后果，卻不可忽視。美國小兒科醫學會建議應該對嬰兒的父母說明包皮手術相關的好處與風險。倡導包皮環切術的一方主張這是一項公共衛生工程，能預防包皮感染，也可能有助于減緩愛滋病的散播；但生殖器健全運動等團體則認為這是侵犯人權的行為，甚至構成一種性侵害，因此主張不應鼓勵，甚至應該禁止嬰幼兒接受包皮環切術。
知情同意
包皮環切術對一個男童而言，其醫療效益飽受爭議，往往非出于自愿，將來長大后若反悔也恐怕無法恢復原狀。因此監護人是否有權為男童做出決定，以及這決定權如何界定，至今仍爭議不止。
從人權角度來講，新生兒包皮環切術不尊重孩子的權利，在孩子還沒有自主決定意識的時候，將父母親的意識強加于孩子身上。父母親通常會認為新生兒包皮環切術相對成年后手術痛苦較小，但有研究表明包皮環切術所致的疼痛甚至會影響到孩子對免疫接種的反應。特別是對于那些沒有手術指征的孩子，手術帶來的疼痛及可能的并發癥也許會帶來嚴重的后果。總之，新生兒是否該行包皮環切術不僅僅是個醫學問題，還涉及到文化、倫理、心理、宗教等多個方面。這也反映出，醫學認識的對象即人體、生命、健康、疾病等具有復雜性， 使許多問題一時還不能取得完整深刻的科學認識，認識主體的局限性與認識客體的無限性矛盾決定了認識過程的反復循環性。關于新生兒包皮環切的爭論仍在繼續，醫生要不帶偏見地把手術的利弊兩方面因素都提供給新生兒父母，讓他們自己仔細權衡后再做決定。
有人認為幼年受到包皮環切術的記憶可能在心靈留下傷痕，因此主張應該等年齡夠大、心智夠成熟時，再讓這位男性自己決定是否手術。
對情緒的影響
男性割包皮所受的情緒沖擊比較少受到重視。幾乎所有在嬰兒期割過包皮的成年男子表述，其并不認為在未麻醉的情況下割包皮為殘忍的行為，因為根本不可能會對手術有任何記憶。有關兒童人權的議題常受到忽視，就像包皮環切術可能使部分男性受到身心的傷害，卻往往被忽略。
在美國，大部分的新生兒包皮環切術都沒有用麻醉藥。
合法性
主要的醫學會均認為包莖環切術只要由法定監護人同意，并簽署知情同意書，合法性就不成問題。
